在繁殖過程中，微生物會產生大量的特殊代謝物（如酶、激素、抗生素等，這些物質是由生物體自然產生的，而不是外來的化學激素抗生素，只有好的，沒有任何毒副作用），其中激素可以刺激作物的快速生長和發育；
然而，抗生素可以明顯抑制土傳細菌的傳播，提高作物的抗病性和抗逆性。然而，未經發酵處理的粗有機肥不僅沒有這些優勢，而且由于其自身的致病菌而成為作物病害傳播的主要來源。
因此，肥料發酵劑在發酵處理后具有良好的抗病性，是一種值得推薦的方法，可節約農藥成本，提高經濟效益。
雞糞有機肥的發酵方法
1）發酵原料：健康新鮮的雞糞（最好是肉雞糞，營養價值高）。
2）工具：攪拌機、塑料容器或水泥池（或坑墊塑料薄膜）、塑料薄膜、磨床（普通農業類型）、鏟子。
3）發酵菌株：雞糞發酵劑。
4）比例：
配方1：干雞糞1000公斤，雞糞發酵劑0.5kg，如加納豆100克/噸發酵效果較好；
配方2：700公斤濕雞糞，300公斤麥麩或米糠或稻草粉，0.5公斤雞糞發酵劑，每噸100克納豆發酵。
5）作業程序：
①按比例配制1000公斤發酵原料，用作發酵原料；
②將0.5公斤2.5公斤雞糞發酵劑及100克納豆發酵菌種倒入350公斤水中稀釋，攪拌井水或河水，如為自來水，請放入24小時后再使用；
③如果有攪拌機，雞糞可以混合2分鐘，然后倒入濾過的稀釋劑中攪拌6分鐘；
如果沒有攪拌機，根據從小到多的原理用鏟子攪拌，即先把菌株稀釋倒進少量發酵原料，然后均勻攪拌直到沒有質量，然后將少量攪拌的發酵原料倒入剩余的發酵原料中均勻攪拌，直到沒有塊；
注：根據干、濕發酵原料增加或減少稀釋水量的程度，稀釋菌應占發酵原料的35%左右，用手、手指觀察水，但不要滴水滴，放手更好。多水易酸，不易發酵。如果發酵原料濕了，稀釋后的用水量應減少。
④將混合發酵原料放入塑料容器或水泥池（或土坑墊塑料膜），除去空氣后用塑料薄膜填充并密封。適宜溫度為25℃-35℃，適宜溫度為25℃，發酵5-10天（一般夏季5天，春秋7天，冬季10天），注意溫度和時間的掌握，直到沒有臭味含有酒香味，即發酵成功。
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